領域代表
斎藤 成也 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系 特任教授
総括班
斎藤 成也 国立遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系 特任教授（研究代表者）
篠田 謙一 国立科学博物館 館長（研究分担者）
鈴木 仁 北海道大学 大学院地球環境科学研究院 名誉教授（研究分担者）
藤尾 慎一郎 国立歴史民俗博物館 教授（研究分担者）
遠藤 光暁 青山学院大学 経済学部 教授（研究分担者）
長田 直樹 北海道大学 大学院情報科学研究院 准教授（研究分担者）
木部 暢子 大学共同利用機関法人人間文化研究機構 機構長（研究分担者）
計画研究A01班 「現代人ゲノム配列解析にもとづくヤポネシア人進化の解明」
斎藤 成也 国立遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系 特任教授（研究代表者）
井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所 人類遺伝研究室 教授（研究分担者）
Timothy A. Jinam 国立遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系 助教（研究分担者）
松波 雅俊 琉球大学大学院医学研究科先進ゲノム検査医学講座 助教（研究分担者）
吉浦 孝一郎 長崎大学 原爆後障害医療研究所 教授（研究分担者）
鎌谷 洋一郎 東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授（研究協力者）
計画研究A02班 「古代人ゲノム配列解析にもとづくヤポネシア人進化の解明」
篠田 謙一 国立科学博物館 館長（研究代表者）
安達 登 山梨大学 大学院総合研究部 教授（研究分担者）
神澤 秀明 国立科学博物館 人類研究部 研究員（研究分担者）
角田 恒雄 山梨大学 大学院総合研究部 助教（研究分担者）
佐藤 丈寛 金沢大学 医薬保健研究域医学系 助教（研究分担者）
計画研究A03班 「動植物ゲノム配列解析にもとづくヤポネシアへのヒトの移動の推定」
鈴木 仁 北海道大学 大学院地球環境科学研究院 名誉教授（研究代表者）
遠藤 俊徳 北海道大学 大学院情報科学研究院 教授（研究分担者）
増田 隆一 北海道大学 大学院理学研究院 教授（研究分担者）
坂井 寛章 2 農業・食品産業技術総合研究機構 高度解析センター ユニット長（研究分担者）
西田 義憲 北海道大学 大学院理学研究院 （研究協力者）
熊谷 真彦 3 農業・食品産業技術総合研究機構 高度解析センター 主任研究員（研究協力者）
里村 和浩 長浜バイオ大学 インキュベーションセンター プロジェクト特任講師（研究協力者）
伊藤 剛 1 農業・食品産業技術総合研究機構 高度解析センター チーム長（研究分担者）
1 : 2018-2020年度 2 : 2021-2022年度 3: 2021-2022年度
計画研究B01班 「考古学データによるヤポネシア人の歴史の解明」
藤尾 慎一郎 国立歴史民俗博物館 研究部考古研究系 教授（研究代表者）
木下 尚子 熊本大学 人類社会学部 名誉教授（研究分担者）
山田 康弘 東京都立大学 人文科学研究科 教授（研究分担者）
清家 章 岡山大学 社会文化科学研究科 教授（研究分担者）
濵田 竜彦 鳥取県 地域づくり推進部 文化財局 とっとり弥生の王国推進課 青谷上寺地遺跡整備室（研究分担者）
坂本 稔 国立歴史民俗博物館 研究部情報資料研究系 教授（研究協力者）
瀧上 舞 国立科学博物館人類研究部 研究員（研究協力者）
計画研究B02班 「日本語と関連言語の比較解析によるヤポネシア人の歴史の解明」
遠藤 光暁 青山学院大学 経済学部 教授（研究代表者）
木部 暢子 大学共同利用機関法人人間文化研究機構 機構長（研究分担者）
狩俣 繁久 琉球大学 島嶼地域科学研究所 客員研究員（研究分担者）
中川 裕 千葉大学 大学院人文科学研究院 教授（研究協力者）2018-2020年度 千葉大学 文学部 教授（研究協力者、2018年度〜2020年度は研究分担者）
風間 伸次郎 東京外国語大学 総合国際学研究院 教授（研究分担者）
計画研究B03班 「ヤポネシア人の人口推定を中心とした巨大データ解析」
長田 直樹 北海道大学 大学院情報科学研究院 准教授（研究代表者）
藤本 明洋 東京大学 大学院医学研究科 教授（研究分担者）
五條堀 淳 総合研究大学院大学 先導科学研究科 講師（研究分担者）
河合 洋介 国立国際医療研究センター ゲノム医科学プロジェクト 副プロジェクト長（研究分担者）
2021-2022年度 公募研究A04班
今西 規 東海大学 医学部 基礎医学系分子生命科学 情報生物医学研究室 教授
太田 博樹 東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 教授
大橋 順 東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 教授
木村 亮介 琉球大学 大学院医学研究科 人体解剖学講座 教授
菅 裕 県立広島大学 生命環境学科 生命科学科 生命システム科学専攻 教授
竹中 正巳 鹿児島女子短期大学 生活科学科 学科長・教授
寺井 洋平 総合研究大学院大学 先導科学研究科 生命共生体進化学専攻 助教
内藤 健 農業・食品産業技術総合研究機構 遺伝資源研究センター 植物資源研究ユニット 上級研究員
新村 毅 東京農工大学 大学院農学研究院 生物生産科学科 准教授
細道 一善 東京薬科大学 生命科学部 生命医科学科 教授
松本 悠貴 アニコム先進医療研究所株式会社 研究開発部 研究員・係長
三浦 史仁 九州大学 大学院医学研究院 基礎医学部門 生体制御学 准教授
水野 文月 東邦大学 医学部 法医学 助教
本橋 令子 静岡大学 農学部 応用生命科学科 教授
山岡 吉生 大分大学 医学部 環境・予防医学講座 医学部長・教授
FAWCETT JEFFREY（フォーセット ジェフリー） 理化学研究所 数理創造プログラム 上級研究員
2021-2022年度 公募研究B04班
加藤 哲久 東京大学 医科学研究所 感染・免疫部門 ウイルス病態制御分野 准教授
中川 奈津子 国立国語研究所 言語変異研究領域 准教授
中澤 光平 信州大学 人文学部 講師
西内 巧 金沢大学疾患モデル総合研究センター 研究基盤支援施設 疾患オミクス解析分野 准教授
CELIK KENAN（セリック ケナン） 国立国語研究所 言語変異研究領域 プロジェクト非常勤研究員
2019-2020年度 公募研究A04班
里村 和浩 北海道大学 情報科学研究科 特任助教
大橋 順 東京大学 理学系研究科 准教授
中山 一大 東京大学 新領域創成科学研究科 准教授
寺井 洋平 総合研究大学院大学 先導科学研究科 助教
細道 一善 金沢大学 大学院医療保健研究域・医学系 准教授
佐藤 陽一 徳島大学 薬学部 准教授
花田 耕介 九州工業大学 情報工学研究院 准教授
木村 亮介 琉球大学 大学院医学研究科 准教授
太田 博樹 東京大学 大学院理学系研究科 教授
今西 規 東海大学 医学部 教授
内藤 健 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構・遺伝資源センター 主任研究員
2019-2020年度 公募研究B04班
河田 雅圭 東北大学 大学院生命科学研究科 教授
西内 巧 金沢大学 学際科学実験センター 准教授
舟橋 京子（石川）九州大学 大学院比較社会文化研究院 講師
竹中 正巳 鹿児島女子短期大学 生活科学科 教授
麻生 玲子 国立国語研究所 言語変異研究領域 特任助教
林 由華 国立国語研究所 言語変異研究領域 特別研究員